1.研究对象  基础医学是研究人的生命和疾病的现象与本质及其变化规律的自然科学，研究对象为人体的机体、系统、组织、器官、细胞、分子、作用于人体的其他生物（主要是微生物与寄生虫）的形态、结构、功能，以及它们之间、它们与整体机能之间的关系，由此阐明人体正常机能与疾病的形态结构基础、功能基础和分子基础，以及疾病发生发展的机制和规律，为健康维护和疾病诊断、治疗、预防提供理论和技术基础。具体而言，基础医学研究的目标对象包括：人体的宏观与微观结构以及生长发育规律；正常人体与疾病状态下的机能、病理、遗传、免疫和分子变化规律；人体与相关微生物、寄生虫的相互作用及其健康与疾病发生发展的意义，以及与健康维护、疾病诊断、治疗和预防相关的其他理论和技术。值得注意的是，21世纪以来由于科学技术的迅猛发展和健康需求的急剧增加，基础研究成果转化为临床诊治手段的过程将大大加速，转化医学实践由此迅速兴起，在此背景下基础医学正更多地以疾病为导向，以临床产生的科学问题为研究对象。这一趋势使基础医学研究对象的领域分类，从传统学科体系分类，逐步拓展到以具有相同或类似科学基础的疾病类型为区分，并更多地与临床学科的研究对象相融合。

2.理论基础   医学作为一门传统医学学科，建立在古老的解剖学知识基础之上，其经典理论体系涵盖了在健康与疾病状态下，从宏观到微观层次研究人体各级组成结构的形态学理论；研究人体各种功能现象、规律及致病机制的机能学理论；研究人体各种分子及其相互化学联系与作用的分子医学理论；研究与健康和疾病相关的寄生虫、微生物及其与人体相互作用规律的病原生物科学理论，以及研究化学药物及大分子重组蛋白质药物治疗疾病的规律的药理学理论。同时，作为医学的一门基础前沿学科，其理论前沿与当代生物学、临床医学，以及与其 他理学、工学学科中的理论与技术领域交叉，产生了一系列新生医学基础科学，其中包括以干细胞生物学理论与技术为基础，以干细胞治疗和组织再生修复为目标的再生医学，以及以人类 基因组学、蛋白组学和代谢组学为基础，以系统生物学为主要工具，以阐明正常或疾病状态的分子网络基础为目标的医学信息学与基因组医学等。因此，当代基础医学理论体系发展的趋势：一是其自身理论范畴的不断丰富与拓展；二是与生命科学前沿理论与技术的广泛交叉；三是与临床医学和医疗新技术的实质性融合；四是与其他门类学科，如信息科学、化学、数学、 物理学等交互渗透而不断形成新的边缘领域。

3.知识基础   基础医学既为临床医学、口腔医学、预防医学、中医学、药学、护理学、 医学技术、特种医学等应用型专业的人才培养提供基础知识和基本技术，同时也作为一门依其自身规律发展的前沿基础学科，探索人体健康和疾病的基本规律，培养基础医学理论与实验研究的专门人才。在基础医学为整个医学提供的知识基础中，从宏观和微观层次研究和描述人体形态结构和生长发育的人体解剖学、组织学、胚胎学，是基础医学的学科发源所在，也是医学学科人才培养的入门基础；在此基础上，阐明人体在正常或各种疾病状况下的组织器官结构与机能状态，组织和细胞形态变化，新陈代谢，物理化学基础和分子作用规律的人体生理学，病理学，病理生理学，医学免疫学，医学遗传学，医学生物化学与分子生物学，以及研究致病寄生虫、微生物及其与人体相互作用的病原生物学，构成了当代基础医学的主体知识体系。与此同时，随着生命科学各前沿领域与医学的交叉和融合发展，如干细胞理论与技术在疾病发生发展机制和疾病治疗方面的运用，以及由细胞分子生物学与信息科学、系统科学融合产生的医学组学、医学生物信息学、系统医学等新兴学科领域，构成了目前基础医学知识的前沿。

4.研究方法  基础医学主体属于实验科学，遵从还原论的基本研究方法，认识人类健康与疾病发生发展的规律，为解决疾病问题提供新知识和新技术的过程中，在各个发展阶段形成了以当时科学技术前沿为基础的人体研究方法学。因此，基础医学的学科特征之一是各学科方向既代表了特定的理论体系，同时又代表一系列特定的研究方法学。这些研究方法不仅大多延 续至今，而且又在不同时期吸纳新的技术理念和内容，总体来说包括以下几大类别：

(1)形态学方法：以传统大体解剖技术、显微组织学技术和超微细胞学技术为基本手段，探求人体各系统、器官、组织、细胞的形态、结构、组成，及其发生发育、病理变化，健康修复过程中的形态结构特征和动态规律，并为医学诊断学、医学影像学、外科治疗学等多种医学实践提供精准的结构形态学基础。

(2)机能学方法：以人体和模型动物及器官、组织、细胞的各种机能的定性与定量测定技术为基础，如以传统电生理技术、当代显微电生理技术、精细功能显微技术、气体及液体流变测定技术、能量代谢测定技术等为手段，揭示健康和疾病情况下人体机能的状态特征和变化规律，以及细胞和亚细胞结构等人体微观组成的功能学过程与结局。

(3)细胞与分子医学方法：在传统生物化学代谢测定技术基础上发源，发展至一系列以细胞生物学与细胞分离鉴定技术、细胞发育与疾病模型、细胞培养与诱导分化技术、细胞重编程技术、细胞治疗技术、细胞与组织构建技术、分子生物学与核酸重组技术、蛋白质定量与定性检测技术、生物大分子结构解析技术、生物分子与药物高通量测定技术、分子细胞生物学技术等为主要前沿的细胞与分子医学方法学，研究人体正常或疾病状态下的化学组成特征、变化规律和细胞以及分子作用的规律。该方法学领域进入本世纪以来，进一步结合各相关前沿学科技术，发展为当今各种医学生物组学、医学系统生物学等先进研究方法。

(4)人类疾病的动物模型构建与研究方法：通过传统实验机能学、化学与环境致病模拟、动物遗传修饰、动物影像学及手术等手段，用实验动物构建人类疾病与健康状态的活体模型， 研究疾病发生发展机制和诊断、治疗、预防的策略，并为药物与疫苗的临床应用提供临床前试验参数和证据。

(5)医学生物信息学与系统生物学方法：在生物大分子结构与功能解析，尤其是高通量分子检测等技术基础上，通过信息处理、统计与计算、系统归纳等手段，为阐明人体的各种复杂生理系统和疾病的复杂机制提供分子作用通路与网络等理论线索。