基础医学从宏观到微观层次研究人体结构与功能，揭示人体与外界因素的相互作用，阐明疾病发生发展的机理，为疾病防治提供理论和技术基础。基础医学起源于中世纪开启的人体解剖学。在观察研究正常人体与患病人体的形态学变化的基础上，解剖学成为疾病特征描述、机理研究和外科治疗的主要知识与技术基础。17世纪后，借助新生的生物显微技术和早期细胞生物学理论，产生了在微观形态学水平上研究人体与疾病的组织学、胚胎学和细胞学理论与方法；同时在人体机能定量测定技术和机体化学组成与化学规律描述的基础上，发展了人体生理 学和医学生物化学研究；随着人们对致病生物及免疫现象的发现，以及对人类遗传因素及其致病意义与规律的认识，形成了由人体解剖学、组织学与胚胎学、人体生理学、病理学、病理生理学、医学生物化学、病原生物学、医学免疫学、药理学、医学遗传学等为主干构成的基础医学学科基本框架，基础医学成为人体疾病治疗与健康维护的科学基础，同时也成为医学人才培养必备的知识基础。

20世纪中，随着DNA双螺旋结构、遗传密码子等重大科学发现，人们对健康和疾病的科学解释开始建立在分子生物学基础上，基础医学中人体形态学、人体生理学、病原生物学、免疫学、病理学等各学科领域的研究逐步深入到分子水平。正常机体功能与疾病发生发展的分子基础，成为上世纪后半叶连接基础医学各学科最重要的纽带，开启了医学各基础领域的交叉融合，使基础医学学科发展呈现出整体性，也使基础医学学科人才培养在各学科之间显示出共性特征。

21世纪以来，基础医学的学科内涵正经历着又一次飞跃。首先，随着分子生物学迅猛发展和人类基因组计划的完成，对人体生物分子的结构、表达及功能的解析，继续在微观尺度上深入，对生命和疾病现象及规律提出新的阐释；其次，基因组学和蛋白质组学等各种“组学”、生物信息学和系统生物学方法与理论的涌现，使从细胞到机体各个层次系统—整体—综合地研究疾病机理成为可能；再次，干细胞生物学与再生医学、分子医学与转化医学个体化医疗的发展，使基础领域发现的新现象和新规律，转化为疾病预防、诊断与治疗的新手段与新策略。目前基础医学学科发展前沿呈现出以下特点：(1)以当代细胞分子生物学、生物医学组学、系统生物学等为纽带，基础医学各学科方向相互交融，从而深化对疾病机理的认识；(2)基础医学与疾病防治实践联系更为密切并直接相关，成为转化医学最重要的创新源头，以解决特定疾病为导向来设置学科方向的趋势日渐明显；(3)人与自然及社会、环境间的密切关系和相互作用得到更充分的认识和体现，进一步为“生物—心理—社会”新医学模式提供理论和实践基础；(4)基础医学人才的培养过程中，各基础医学学科方向之间的互融，以及基础与临床之间的协同成为必须。