基础医学学科主要覆盖人体解剖与组织胚胎学、人体生理与病理生理学、病原生物学、病理学、免疫学、再生医学、医学信息学与基因组医学、细胞生物学、医学遗传学等学科方向。

1.人体解剖与组织胚胎学  主要研究人体形态结构特征和生长发育规律，以及人体各系 统、组织、器官的结构与功能之间的关系。

2.人体生理与病理生理学  主要研究健康与疾病状况下人体机能代谢，细胞结构与功能，生物分子(包括基因、蛋白、脂类等)结构与功能改变的特点、规律和机制。

3.病原生物学  是揭示生物病原体和媒介的生物学特征，与宿主相互作用规律和致病机理，以及研究感染性疾病诊断和防治技术的学科领域。

4.病理学  是研究疾病发生发展过程中生物分子、亚细胞、细胞、组织及器官水平形态学改变，疾病演变规律及诊断要点，揭示疾病的病因、发病机制及转归，密切联系临床的医学桥梁学科。

5.免疫学  是阐明免疫反应的本质和机体免疫系统的组织、结构及其功能的学科，主要研究在健康或疾病状态下免疫系统的功能；免疫系统功能异常所产生的疾病，以及免疫分子的物理、化学及生理性质。

6.再生医学  是通过研究干细胞的发育起源、增殖分化机理以及与微环境的相互作用， 阐明干细胞在正常组织维持中的生理功能，参与创伤修复与再生机制，从而寻找有效的细胞治疗方法，促进机体修复与再生，或构建新的组织与器官，以改善或恢复损伤组织和器官功能的科学。

7.医学信息学  是信息学与医药卫生学相结合的交叉科学，涉及了将计算机和信息技术 应用于医学研究、医疗、新药开发、公共卫生等领域的新兴学科。

8.基因组医学 是以人类基因组为基础，将生命科学与医学整合在一起，使基因组学的 基础研究成果能够应用于转化医学的新兴学科。

9.细胞生物学  是研究细胞结构与功能联系的科学。

10.医学遗传学 是揭示遗传物质结构及组成改变如何影响人体发育、生长及功能的科学。

21世纪以来，随着人类基因组计划的完成，信息技术的迅速发展和干细胞研究等科学领域的突破，学科分立和学科交融并进，解决人类疾病的直接突破点不断向基础领域前移，各学科方向之间的界限逐渐模糊化，国际基础医学科学研究和人才培养出现了以某一系统疾病为导向，综合运用各种基础医学研究方法，以寻求该系统疾病诊治突破为直接目标的学科方向设置，如神经系统疾病基础与转化医学、心脑血管疾病基础与转化医学等。此外，由于多学科的交叉融合，基础医学的学科范围在其理论体系、知识基础、研究方法等维度上迅速拓展。因此，在上述“学科内涵”所定义的基础医学一级学科范畴内，我国的基础医学学科还涵盖了一系列以其他名称出现的学科方向，这些学科方向一般由各学位授予单位根据健康与疾病基础与转化研究的发展趋势和人才培养的需要自主设置，比如分子医学、医学神经生物学、比较医学、医学病毒学、基础药理学与分子药理学、疾病蛋白组学与基因组学、热带医学、人兽共患疫病学、医学生物化学与细胞生物学等。