植物保护学科下设植物病理学、昆虫学、农药学3个学科方向。

1.植物病理学  主要研究植物病害发生发展和流行的规律、病原与植物相互关系，以及植物病害控制的理论和技术。随着研究技术的进步及相关学科的交叉渗透，现代植物病理学已产生了植物病原学、植物病害流行学、植物病理生理学、分子植物病理学，以及植物病害防治学等新的分支学科。农作物重要病原物致病性及其变异的分子基础，农作物抗病机制及抗病遗传育种基础研究，寄主与病原物互作的遗传学机制，植物病害暴发流行的机制，以及以物种多样性、遗传多样性和基因多样性为基础的植物病害生态调控机理和技术等是我国植物病理学科 今后重点研究与创新的重要领域。

2.昆虫学  包括基础昆虫学和农业昆虫学；基础昆虫学主要研究昆虫的种类识别、系统进化与系统学、昆虫生物多样性、昆虫生物学、生态学和生理学；农业昆虫学主要研究重要农业害虫的种类识别，发生、发展、入侵、迁飞扩散、成灾机理与规律，害虫与作物的关系，害虫抗药性的产生机制，监测与治理，预测预报及防控策略与技术。随着研究技术的进步，分子生物学和现代系统科学的交叉渗透，昆虫系统学、昆虫生物多样性的保育利用、重大入侵害虫的入侵机制与防控、应用生态工程理论与技术进行害虫综合治理等领域已成为当今昆虫学研究 的热点。

3.农药学  主要研究农药活性成分的化学组成、结构、性质、构效关系，对作物病虫害的作用机理，在生物体内的代谢、降解规律，有害生物的抗药性机理与治理策略，农药研发及应用技术。农药学的学科内涵包括农药化学、农药毒理学、农药制剂学、农药分析检测、植物化学保护、农药的环境生态毒理学等。对人畜安全、环境友好的高效、低毒、低残留农药及天然农药的研发是当今农药创制的发展方向，也是农药学研究的核心内容。