中西医结合医学包括中西医结合基础医学和中西医结合临床医学这两大部分。无论是基础医学还是临床医学，均为相对独立的学科群，包含了若干个学科分类。

1.中西医结合基础医学  包括人体形态与功能的基础研究及疾病发生发展与治疗的基础研究。

(1)中西医结合人体形态与功能的基础医学研究 包括中西医结合解剖学与生理学、中西医结合生物化学与分子生物学、中西医结合神经生物学等。

中西医结合解剖学(含组织学)与生理学的主要研究方向包括研究人体藏象、经络、气血津液等理论与机体内、外环境平衡及内稳态理论的内在联系，揭示人体器官、组织和细胞的形态结构和功能活动的整合效应；研究针灸、针刀效应的形态学及生理学基础和机制；中医四诊的数字信息化和量化研究等。

中西医结合生物化学与分子生物学的主要研究方向包括研究正常人体物质和能量代谢规律与中医基础理论的关联，阐明中医药治疗疾病的现代医学物质基础；阐明中医气的实质和气化理论的生化基础，揭示中医证候的科学内涵，为中西医结合微观诊断提供依据和方法。

中西医结合神经生物学的主要研究方向包括研究神经-内分泌-免疫网络调控系统与中医脏腑功能的相关性；中医药治疗神经系统疾患(包括精神疾病)的机制研究；针灸神经生物学研究，阐明针刺镇痛及针刺治病的神经生物学机制，揭示经络学说的功能实质。

(2)中西医结合疾病发生发展及治疗的基础医学研究包括中西医结合病理学与病理生理学、中西医结合病原生物学与免疫学、中西医结合药理学等。

中西医结合病理学与病理生理学的主要研究方向包括基于病证结合揭示中医证候学的病理生理学基础；人体各主要系统(心血管、呼吸、消化、泌尿、生殖、神经、内分泌系统等) 常见疾病的病因、发病机制和病理改变及中西医治疗原则；中西医结合治疗髙血压病、动脉粥样硬化、糖尿病、代谢综合征、肿瘤、神经变性疾病等的疗效机制；中西医结合实验动物病理模型的研制和应用。

中西医结合病原生物学与免疫学的主要研究方向包括中医药对病原生物的致病力和变异性的效应规律；中医药抗病毒感染性疾病的效应和机制；研究中医药对免疫功能的调节效应以及治疗感染性和自身免疫性疾病的作用机制；研究肿瘤的免疫治疗机制以及中药干预效应。

中西医结合药理学的研究方向包括筛查中药的作用靶标，筛选中药有效成分，阐明中药药效物质基础和中医药治疗疾病的作用机理及分子靶点；中西药合用增效、减毒机制研究；病证结合的药理药效研究和中西药作用机理比较研究，构建评价中药药效客观指标体系。

2.中西医结合临床医学  包括诊断、内、夕卜、妇、儿科及其他临床学科。

(1)中西医结合诊断学  包括健康与疾病状态辨识研究，运用四诊手段和系统科学原理和方法，认知健康与疾病；证候物质基础研究，应用现代科技手段对传统“四诊”进行客观化、标准化研究；运用生物化学和分子生物学等技术方法，从微观证角度，探究证候发生的物质基础；病证结合的现代研究，西医辨病与中医辨证相结合，认识疾病状态下证候分布规律和特点。

(2)中西医结合内科学  包括心血管、血液、呼吸、消化、内分泌、泌尿等系统疾病，以及代谢、营养、结缔组织、关节、理化因素等方面疾病和各种传染病等。其主要研究方向是针对以上疾病的诊断和治疗开展中西医结合研究。研究内容是深入阐明内科疾病的病因、发病原理、发展规律、诊断方法和防治措施。

广义上看，中西医结合肿瘤学、神经病学也可归属于中西医结合内科学范畴。

中西医结合肿瘤学的主要研究方向包括釆用中西医结合“阴阳平衡”、“扶正祛邪”的理论和方法干预恶性肿瘤的发生、发展和预后。主要研究内容包括源于中西医基本理论有关各种恶性肿瘤发生、发展的规律探索，中西医结合对于恶性肿瘤的治疗效果和作用机制，各种中药等治疗手段的效应研究及作用靶点和机制研究。

中西医结合神经病学研究范围包括中西医结合预防、治疗、康复干预神经系统疾病这三部分，主要研究方向有中西医结合防治脑血管病，中西医结合防治神经退行性疾病(痴呆、帕金森病和脊髓侧索硬化等)，中西医结合防治周围神经系统和肌组织疾病，中西医结合防治精神心理疾病(如抑郁症)等。

(3)中西医结合外科学  涉及范畴包括腹部外科、心胸外科、泌尿外科、矫形外科、内分泌外科、血管外科和烧伤外科等疾病也包括骨伤科疾病。主要研究方向是针对以上疾病的诊断、治疗和围手术期处理开展中西医结合研究。主要研究内容包括中西医结合治疗急腹症、血管疾病、烧伤、中晚期肿瘤和器官移植领域中西医结合治疗研究、围手术期中西医结合治疗研究、中西医结合诊治骨与关节及软组织损伤、中西医结合诊治脊柱伤病、中西医结合诊治骨与关节病、骨肿瘤、骨代谢病及运动康复等。

(4)中西医结合妇产科学  包括中西医结合妇科学、中西医结合产科学两部分。主要研究 中西医结合治疗及调控月经失调、生殖障碍性疾病、治疗生殖器官炎症、生殖器官肿瘤、子宫内膜异位症，中西医结合防治习惯性流产、妊娠期高血压疾病、产褥感染等疾病的疗效及其作用机制，探索中西医结合在辅助生殖技术中的作用。

(5)中西医结合儿科学  包括中西医结合儿科学基础概论、中西医结合儿科常见疾病防 治、中西医结合儿科特殊疾病防治三部分。主要研究方向为中西医结合治疗新生儿疾病、中西医结合治疗儿童呼吸、消化、循环、泌尿、血液、神经肌肉、免疫、内分泌等系统疾病以及中西医结合治疗儿童传染病、寄生虫病、急性中毒等。

(6)中西医结合临床医学  还应包括其他学科，例如中西医结合五官科学、中西医结合皮肤 病与性病学等。

中西医结合五官科学包括中西医结合眼科学、中西医结合耳鼻咽喉科学和中西医结合口腔医学三部分。主要研究方向为中西医结合防治出血性眼底病、免疫性眼病、视网膜变性疾病，中西医结合防治耳鸣及神经性耳聋，中西医结合防治变应性鼻炎，中西医结合防治鼻咽癌，中西医结合防治口腔黏膜病、牙周病及口腔黏膜美容保健等。

中西医结合皮肤病与性病学的主要研究方向包括中西医结合防治常见及多发性皮肤病 (包括尊麻疹、湿疹、特应性皮炎、银屑病等)，中西医结合治疗结缔组织病(如红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病等)，中西医结合防治感染性皮肤病(包含性传播性感染、真菌感染和病毒感染等），中西医结合治疗与美容有关的皮肤病（如脱发、痙疮、白癜风和其他色素性皮肤病）等。