船舶与海洋工程学科下设3个学科方向：船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程、水声工程。

1.船舶与海洋结构物设计制造  是以水面和水下运载平台与海洋工程结构物的论证、设计、建造为主要研究内容的一门工程技术学科，重点包括船舶与海洋结构物设计、船舶与海洋工程流体力学、船舶与海洋工程结构力学和船舶与海洋结构物制造等学科方向。总体设计方向主要研究船舶与海洋结构物的主体线型、总体布置、总体性能和结构构造，以及工程可行性与适用性等；流体力学方向主要研究船舶和海洋结构物与风浪流相互作用的一般规律与特性；结构力学方向主要研究船舶和海洋结构物抵御风浪流等外部作用的一般规律与特性；制造方向主 要研究船舶和海洋结构物集成制造的相关技术及工艺。

2.轮机工程  是研究能量转化与利用、动力装置及系统工程技术、科学基础及其规律的学科。轮机工程重点包括现代轮机管理、轮机自动化与智能化、动力装置振动与噪声控制、轮机系统及设备的设计与系统分析、特种动力装置等研究方向。现代轮机管理主要研究船舶机舱总体设计等；轮机自动化与智能化主要研究先进控制规律、控制策略等。动力装置振动与噪声控制主要研究动力装置与系统激励源产生机理等。轮机系统及设备的设计与系统分析主要研究机构设计等；特种动力装置主要研究船舶与海洋工程、潜器及水下平台所需的特种动力装置与 系统等。

3.水声工程  是围绕海洋中水下目标探测、定位与导航、信息传输、海洋观测与监测、水下作业所需的各种水声信息系统等工程问题，研究以声波为信息载体的信号、信道、信息处理及系统集成等有关的科学、技术及工程问题，包括了水声物理、水声换能器、水声信号处理、海洋声环境与水声目标特性、水声系统集成等。