1.研究对象和理论  中医学理论与西医学理论是在不同历史背景条件下形成的两种医学理论体系。无论是中医学还是西医学，两者的研究对象都是人类的生命与健康，都要防治危害健康的各种疾病。正因为如此，在辩证唯物论的哲学思想的指导下，这两种不同的医学理论体系完全有可能随着当代科学技术的进步而不断发展，相互借鉴和启示，通过比较、分析、鉴别和验证，逐步做到有机结合，这正是中西医结合医学的学科内涵不断充实以及理论体系不断发展的必由途径。由于人类生命的结构和功能的高度复杂性，无论是中医学的传统理论，还是西 医学的现代理论，对生命活动以及疾病防治的本质性的揭示和理解都还远远不够，这也为中西医结合医学新理论的形成和发展提供了宽广的空间。

因此，中西医结合医学无论在基础研究还是在临床应用方面，以中医学经典理论及西医学的现代理论为基础，通过实践和研究，用现代科学技术来诠释中医药的奥秘，用现代科学语言来阐明中西医结合提高疾病防治疗效的机制，从而促进中西医结合医学的理论和实践不断走向世界，推动世界结合医学的新发展。

2.知识基础和研究方法  中西医结合医学的知识基础，除了必要的自然科学基础及人文社会科学基础之外，还包括中医学和西医学的相关学科知识。

在基础研究方面，中西医结合医学既重视中医基础理论，重视中医学对疾病的病因与病机的认识，关注中药学在理法方药等方面的基本原则，又充分应用包括人体解剖学与生理学、生物化学与分子生物学、神经生物学、病理学与病理生理学、病原生物学与免疫学，以及药理学等现代生物医学基础理论和研究方法，深入诠释中医药(包括针刺等非药物疗法)对机体器官组织形态结构和功能的影响，揭示中医药作用的生物活性分子、作用靶点及病理转归的规律，探讨中医药防治疾病的机制。

在临床方面，中西医结合医学既高度重视中医学的丰富实践经验及在中医诊断和防治各科疾病方面的临床理论，也十分关注西医各临床学科包括内科学、外科学、妇产科学、儿科学、肿瘤学、神经病学、五官科学、皮肤病与性病学等等的理论、方法及最新进展。通过基础研究与临床研究的密切配合，大力促进中医、西医两套理论及方法相互取长补短，逐步有机结合，形成中西医结合特有的诊断及防治疾病的理论、思维和方法。

中西医结合医学的研究方法，主要是用现代科学技术方法研究中医及中西医结合提高防治疾病的疗效并揭示其科学机制。只要对研究有帮助，各种现代科学技术均可根据需要而加以利用。因此中西医结合医学研究发展进程，也是弘扬中医特色，坚持多学科理论、知识和技术相互渗透，结合和交融的过程。